Teritoriul administrativ al comunei Cetatea de Baltă este situat în partea estică a judeţului Alba, în Podişul Târnavelor, în partea inferioară a râului Târnava Mică. La est se învecinează cu comuna Adamuş judeţul Mureş şi localitatea Boian din judeţul Sibiu, la sud cu localitatea Făget, la vest cu localităţile Tăuni şi Feisa iar la nord cu localitatea Veseuş. Principalul tip de sol predominant este solul brun roşcat de pădure. Resursa naturală cea mai importantă este reprezentată de gazul metan.
Vegetaţia este alcătuită din păduri de foioase: carpen, stejar, salcâm, mesteacăn,plop, salcie; păşuni, fâneţe, culturi vegetale: grâu, porumb, rapiţă, viţă de vie.